Tiene una superficie de 51.03 kilómetros cuadrados.
El municipio colinda al Norte con los municipios de Juan C. Bonilla, Coronango y Cuautlancingo, al Sur con los municipios de San Gregorio Atzompa y San Andrés Cholula, al Este con la ciudad de Puebla, al Oeste con los municipios de San Jerónimo Tecuanipan y Calpan. La ciudad de Cholula es cabecera del municipio y constituye el sector principal de la altiplanicie poblana, con una altura promedio de 2,146 m.s.n.m. y en otras partes dentro de la demarcación a 2,220 m.s.n.m., mostrando un ligero declive noreste-sureste hacia el río Atoyac.
El municipio de San Andrés Cholula se localiza dentro del valle de Cholula y forma parte de la zona conurbana a las ciudades de Puebla, Cuautlancingo y Cholula. Es el segundo asentamiento humano de la región, a una altitud de 2,150 m.s.n.m. Sus coordenadas geográficas son 19°03´ de latitud norte, entre los paralelos 98º 15' y 90º 21' de longitud oeste, entre los meridianos 18º 59' y 19º 03' de longitud occidental. Tiene una superficie de 61 km². Es municipio libre desde 1861.
Los gobiernos municipales de San Pedro Cholula y San Andrés Cholula colaboran en el cuidado y custodia de la zona arqueológica que está bajo la jurisdicción federal.
Gabriel de Rojas en el siglo XVI informa:
“Está situada esta ciudad a veinte leguas de la de México, donde reside la Real Audiencia, a la parte del Este… Tiene esta ciudad a la de Los Ángeles, a la banda del Este, legua y media de camino llano y derecho, y a la banda del Norte a la ciudad de Tlaxcala, pueblo de indios. Dista cinco leguas por camino derecho y llano y, a veces, estos caminos atraviesan por el Río Atoyac, que parte término entre esta ciudad y la de los Ángeles. A la parte del Noroeste tiene a la ciudad de Huejotzingo, pueblo de indios, distante dos leguas grandes camino llano y derecho. Al Oeste tiene a Calpan, pueblo de indios, y que tiene en encomienda Diego de Ordaz, distante tres leguas pequeñas por camino llano y derecho y, al Sur, tiene la Villa de Carrión del Valle de Atlixco, pueblo de españoles labradores, a tres leguas de distancia por camino llano y derecho. Tiene un río en medio que divide el término con esta ciudad, en el cual, hay tres haciendas de molinos de cuatro y cinco ruedas, y todos estos caminos son buenos para caminar… El sitio y asiente de esta ciudad, como está dicho, es en tierra llana con la traza que se verá en su pintura.”[1]
